大学が単独でこの地域に立地することが難しいことは、移転が決定した当初から言われていました。1998年に、九州大学のよびかけで、九州の経済団体である九州山口経済連合会、福岡県、福岡市、糸島市、国の機関が集まり、九州大学学術研究都市推進協議会を設立し、3年にわたる議論を重ね、「九州大学学術研究都市構想」をまとめました。この構想では、大学周辺を中心として、糸島半島の自然と調和した知の拠点づくりを進めることを基本としています。
2004年には、
財団法人 九州大学学術研究都市推進機構が設立され、産学官の連携のもとで、九州大学の知的資源の活用と産業界の需要とを結びつけ、伊都キャンパスを核とした日本とアジアの知的交流拠点としての学術研究都市づくりがスタートしました。