キャンパス周辺には、歴史的な遺産、貴重な自然が残されており、これらと大学との共生をいかに図るかは、大きな課題でした。九州大学統合移転事業では、これら多くの難問に、学問の府としての学識と良識・見識に基づいて、ひとつひとつ慎重に取り組んできました。

遺跡の調査・保存に関しては、九州大学内外の研究者及び関係機関から慎重な意見聴取を進め、学術的な見地から、可能な限りの現状保存方針を採り、キャンパスの空間構成上、造成技術的に不可避な箇所については、重要部分を移設保存しました。

一方、福岡市土地開発公社による造成工事に対しては、周辺の生活・農業用水として重要な地下水の保全のために綿密な調査と継続監視を行い、また、さまざまな樹木を保全する方法（林床土移植、根株移植、高木移植）を採用し、緑地の速やかな回復を図り、環境への影響をできるだけ少なくする開発を行いました。また、学内の研究者の取り組みによって、希少動植物の保全を行いました。

地下水や生態系等に対する環境監視調査は、継続的に行われています。このような学内専門家の参加型キャンパスづくりは、今後の大規模造成事業の参考になるとして、土木学会より環境賞が贈られました。現在も、学生、教職員の竹林伐採活動、環境ＮＰＯや地元ボランティア団体の協力のもとで、新キャンパスの里山の回復を促進させる取り組みがすすめられています。